Een MRI-scan kan meer duidelijkheid geven over de aanwezigheid en de graad van endometriose. Verder kan de aanwezigheid van adenomyose ter hoogte van de baarmoeder opgespoord worden.

Een MRI-scanner maakt geen gebruik van röntgenstralen. De patiënt wordt volledig omgeven door het toestel tijdens het maken van de beelden. 
Patiënten met claustrofobie kunnen dit als onprettig ervaren.